Le variant découvert fin novembre en Afrique du Sud détient un avantage compétitif sur son "cousin" Delta. Dans les pays où le séquençage est efficace, Omicron pourrait très rapidement devenir majoritaire.
PUBLICITÉLe Royaume-Uni et le Danemark comptent aujourd'hui le plus de cas d’infections au variant Omicron dans le monde, loin devant l’Afrique du Sud. En réalité ces deux pays, sont surtout champions du séquençage – la recherche de l’empreinte génétique du variant – et les données qu’ils nous livrent donnent une image plus précise de ce qui attend l’Europe et la France dans les semaines à venir.
Si Boris Johnson nous a habitué aux exagérations et aux déclarations floues ou inexactes, le terme de de "raz-de-marée" qu'il a employé dimanche pour qualifier la nouvelle vague de Covid-19 – attisée par un nouveau variant plus virulent – est aussi frappant qu'à propos.
Les chiffres de circulation du variant B.1.1.529 (Omicron) semblent en effet donner raison au Premier ministre britannique. Selon l’Agence de sécurité sanitaire britannique, 4 713 infections au variant Omicron ont déjà été observées.
Des données en très forte augmentation (+1 576 en 24 heures et un mort dû au variant) qui poussent l’exécutif à tenter d’intensifier la campagne de rappels et instaurer de nouvelles mesures restrictives pour casser la courbe
Omicron, un temps d'avance au Danemark ?
Le Danemark connait également des chiffres de contamination très élevés. 3 437 cas y ont été observés à l’heure qu’il est et le taux de croissance du variant est exponentiel. Comme au Royaume-Uni, le nombre de nouveaux cas double environ tous les deux jours. Le variant semble s’imposer avec une rapidité impressionnante sur son concurrent Delta.
Selon des projections compilées par des journalistes du Financial Times, le taux de croissance de la nouvelle souche est tel qu’elle devrait devenir majoritaire dans les jours à venir en Angleterre, en Ecosse et au Danemark.
Une estimation que confirment les chercheurs du Statens Serum Institut (SSI) situé à Copenhague, l’un des instituts de pointe s’agissant de l’analyse de B.1.1.529.
Dans un rapport publié le 13 décembre, il prévoit qu’il devrait devenir majoritaire d’ici la fin de la semaine dans la région de la capitale danoise.
Un variant qui se développe vite donc et qui semble capable d’échapper au vaccin contre le Covid-19. Les résultats danois vont dans le même sens que les études sud-africaines comme celle rendue public ce mardi; celui d’un échappement immunitaire partiel d’Omicron lorsque le malade a bénéficié de deux doses du vaccin. En cas de rappel, la protection serait en revanche encore efficace.
Au Danemark, 75% des cas d’infection au variant Omicron sont ainsi des personnes ayant reçu un schéma vaccinal complet à deux doses. C’est presque 30% en plus par rapport aux autres variants.
Les Danois restent pourtant l'une des populations européennes les plus vaccinées. Aujourd’hui, un peu de plus de 80% de la population a reçu une double dose du vaccin. Des chiffres même légèrement supérieurs à ceux de la France. Selon la Sécurité sociale, 75,8% des Français ont complété leur schéma vaccinal. Difficile donc d’imaginer que l’hexagone pourrait échapper facilement au scénario en cours au Danemark.
"Ces observations dans le nord de l’Europe, où les populations en terme d’âge, de niveau de vaccination, sont relativement semblables à nos populations, nous incitent à la plus grande prudence", estime Etienne Decroly, virologue et directeur de recherche au CNRS, à l’Université d’Aix-Marseille.
Car côté dangerosité, là encore le rapport du SSI livre quelques indices sur le comportement du variant. Les chiffres des hospitalisations reflètent une légère augmentation lorsque l’on parle du variant Omicron. 1,1% des 3 437 cas ont été hospitalisés contre 0,7% des personnes infectées par la souche Delta. On manque cependant encore de recul pour avoir une estimation plus précise ; les hospitalisations intervenant plusieurs jours, voire semaines après la contamination.
Séquençages indispensables
Dans le cas danois comme dans le cas britannique, ces chiffres et ces projections se basent sur les remontées issues du séquençage, une technique d'analyse de l’ADN du virus qui permet de déterminer la souche dont provient le prélèvement PCR testé positif.
Selon la base de données génétique Gisaid, reprise dans le graphique ci-dessous, le Danemark et le Royaume-Uni sont de loin les deux pays européens, avec la Suède, où le séquençage est le plus répandu.
38,7% des tests positifs sont ainsi décryptés au Danemark, 21,5% en Suède, 17,4% au Royaume-Uni contre seulement 1,7% en Italie ou 1,5% en France, selon les dernières remontées.
Les autorités françaises semblent donc aujourd’hui encore largement aveugles face à la montée du variant Omicron.
En ne recherchant que marginalement la présence du variant au sein de la population française, l'image de la réalité épidémique pourrait lui échapper en partie.
PUBLICITÉCe mardi matin sur France Info, le porte-parole du gouvernement français, Gabriel Attal, a ainsi avancé le chiffre de 133 cas détectés jusqu’à présent. "Une estimation probablement un peu sous-estimée", nuance Etienne Decroly.
Il y a une semaine, le directeur de l’Assurance maladie lui-même, Thomas Fantôme, avançait qu’environ 1,1% des tests positifs au Covid-19 pouvaient en réalité être issus de la souche Omicron. Soit en tout près de 500 cas par jour.
Le gouvernement français rassure
En se basant sur le taux de croissance observé en Angleterre et au Danemark, le nombre de cas en France serait ainsi déjà largement au-delà du millier.
Depuis Marseille, le Premier ministre, Jean Castex, s'est toutefois voulu rassurant. En évoquant la rentrée scolaire de début janvier, il a estimé qu’"il faudrait que la situation sanitaire soit catastrophique pour recourir à la fermeture des écoles". Ajoutant que "le taux de reproduction (du virus) commence à décélérer". Une référence à la légère décrue du nombre de nouveaux cas observée ces 24 dernières heures.
Une baisse pérenne ? Rien de moins sûr. "Cela ne présuppose pas de ce qui va se passer dans les semaines à venir avec Omicron car il est encore très sous-représenté", précise Etienne Decroly.
PUBLICITÉ"Le temps pour réagir pour la France est très court. C’est la difficulté. Il y a tout de même différentes mesures que l’on peut prendre. La vaccination à 3 doses (…). Mais on peut également agir sur l’application des gestes barrières. Enfin, se pose la question de revenir à des mesures plus contraignantes comme le confinement", conclut le chercheur.