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Des millions d'échantillons pour mieux lutter contre le cancer

Des millions d'échantillons pour mieux lutter contre le cancer
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Les Européens ont une espérance de vie de plus en plus longue, mais le risque de cancer s'en trouve accru. Dans cette édition de Futuris, nous voyons comment une nouvelle infrastructure de recherche, résultat d'un projet européen appelé ADOPT, contribue à lutter contre cette menace.

Comme nous le présente notre reporter Denis Loctier dans un laboratoire situé à Graz (Autriche), les chercheurs utilisent des échantillons de tissu humain pour étudier des pathologies complexes comme le cancer. Plus ils disposent d'échantillons, plus les chances de mieux comprendre la maladie et de trouver de nouveaux traitements sont élevées.

"En Autriche, mais aussi à travers l'Europe, des scientifiques sont en train de bâtir une infrastructure de recherche qui donne accès à des dizaines de millions d'échantillons biologiques humains," souligne notre reporter.

Dans les pays développés, chaque année, on diagnostique plus d'un million de nouveaux cas de cancer du colon, une maladie souvent difficile à traiter. Pour faire avancer la recherche, des banques de données biologiques ou biobanques collectent en Europe des échantillons de carcinomes.

"Nous avons sur place plus de 60.000 échantillons de personnes atteintes de cancer du colon, ce qui est un nombre très important," fait remarquer Karine Sargsyan, directrice générale de la biobanque au sein de l'Université de médecine de Graz. "Nous avons quasiment tout ce qu'on peut imaginer : cela va des cheveux à de petits bouts de muscle ou de peau," renchérit-elle.

"Besoin d'échantillons biologiques vivants"

Au sein de la biobanque de Graz, l'une des participantes de ce projet européen appelé ADOPT, les échantillons sont conservés à température ambiante ou au froid.

"Nous disposons aussi d'échantillons biologiques vivants : du tissu cryoconservé qui est stocké dans de l'azote liquide à des températures négatives très basses," précise Karine Sargsyan. "Ce tissu est toujours vivant et en matière de recherche, il y a des questions spécifiques auxquelles on ne peut répondre qu'en disposant de tissu vivant," ajoute-t-elle.

Ces tissus malades ont été prélevés sur des patients de chirurgie qui ont donné leur consentement.

Les échantillons sont fixés au formol, puis découpés en tranches fines et enregistrés dans la base de données d'une infrastructure commune nommée BBMRI-ERIC : celle-ci met à disposition des chercheurs, environ 200 millions d'échantillons détenues par des biobanques européennes.

"Il est important d'avoir conscience que généralement, les échantillons biologiques ne sont pas suffisants pour faire des recherches : on a besoin d'informations sur les patients ou sur les donneurs dans le cas de groupes particuliers, d'informations sur leurs traitements, leur exposition à un certain environnement et d'autres choses encore," indique Petr Holub, directeur du département IT au sein de BBMRI-ERIC. "Nous traitons différents types de données humaines sensibles - cliniques ou génomiques -, donc nous faisons très attention au respect de la vie privée," affirme-t-il.

Automatisation et optimisation du diagnostic

À Graz, nous découvrons un appareil automatique qui scanne un millier d'échantillons sur lamelle de verre par jour à une résolution extrêmement élevée. Un matériel précieux pour les algorithmes d'apprentissage machine qui pourraient révolutionner le diagnostic médical dans un avenir proche.

"Aujourd'hui, il y a des technologies totalement nouvelles pour examiner les échantillons biologiques," assure Kurt Zatloukal, directeur du centre de recherche et de diagnostic de biomédecine moléculaire à l'Université de médecine de Graz. "Donc ceux que nous avons sur ces lamelles sont beaucoup plus pertinents pour les chercheurs aujourd'hui vu qu'ils peuvent être numérisés par des scanners haute résolution, " dit-il. "C'est ce qui les rend essentiels pour exercer les algorithmes et faire en sorte qu'ils puissent reconnaître les changements morphologiques mieux que les humains," souligne-t-il.

Les biobanques peuvent ainsi ouvrir la voie à des diagnostics plus rapides du cancer du colon et d'autres maladies complexes et à des traitements plus individualisés.

"L'objectif à terme," déclare Christian Gülly, directeur du centre de recherche médical ZMF à l'Université de médecine de Graz, "c'est de développer de nouveaux algorithmes qui aient un taux d'exactitude très élevé, qui soient capables de produire un meilleur diagnostic qu'avec les méthodes conventionnelles. Et c'est exactement ce vers quoi nous voulons aller : trouver le traitement optimal pour les patients, le plus rapidement possible," conclut-il.