La catastrophe a suivi un puissant système météorologique qui a apporté de fortes pluies, des vents violents et même de la neige dans certaines parties du sud-est tôt mardi.
La ville de Mthatha a été parmi les plus touchées, les eaux de crue ayant emporté un bus scolaire, tuant six élèves et deux adultes.
Les équipes de secours ont trouvé le bus vide mercredi et ont confirmé que quatre élèves sont toujours portés disparus.
Des centaines de familles ont été déplacées et des dizaines d'écoles et d'hôpitaux ont été endommagés.
Les autorités disent que les opérations de recherche se poursuivront et que l'étendue totale des dégâts est encore inconnue.