Eaux usées : une étude détecte tous les principaux virus oncogènes humains et ouvre de nouvelles pistes pour surveiller la santé publique
Pour la première fois, des chercheurs sont parvenus à détecter et à suivre simultanément dans les eaux usées l’ensemble des principaux virus associés audéveloppement de cancers. Une découverte qui pourrait ouvrir de nouvelles perspectives pour la prévention, la surveillance sanitaire et le suivi des infections oncogènes au sein des populations.
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L’étude, coordonnée par Anthony Maresso et Justin Clark du Baylor College of Medicine et publiée dans la revue Applied and Environmental Microbiology, a été menée en collaboration avec l’University of Texas Health Science Center at Houston.
Les chercheurs ont analysé des échantillons d’eaux usées prélevés entre mai 2022 et mai 2025 sur plus de 40 sites répartis dans 16 villes du Texas, couvrant environ un quart de la population de l’État. Pour ces analyses, ils ont utilisé une technologie avancée de séquençage génétique appelée « hybrid-capture », capable d’identifier simultanément plus de 3 000 virus humains connus ainsi que de nouvelles mutations potentielles au moyen d’un seul test.
Selon les auteurs de l’étude, les virus oncogènes seraient responsables d’environ un cancer sur cinq dans le monde. Parmi les plus connus figurent le papillomavirus humain (HPV), associé aux cancers du col de l’utérus et de la gorge, ainsi que les virus des hépatites B et C, liés au carcinome hépatique.
« Les virus oncogènes peuvent provoquer environ un cancer sur cinq à l’échelle mondiale », a expliqué Anthony Maresso, professeur de virologie moléculaire et de microbiologie. « Comme ces infections restent souvent asymptomatiques pendant des années, voire des décennies, beaucoup de personnes ignorent qu’elles sont infectées jusqu’à l’apparition du cancer. Cela rend très difficile la mise en œuvre d’actions préventives précoces. »
L’analyse des eaux usées a détecté tous les principaux virus oncogènes connus, y compris HPV, les virus de l’hépatite B et C, les polyomavirus associés au cancer, le virus d’Epstein-Barr et l’herpèsvirus associé au sarcome de Kaposi.
Les chercheurs ont également observé une augmentation significative de la présence de plusieurs virus oncogènes au cours des trois années de suivi. En particulier, HPV, le virus d’Epstein-Barr et certains polyomavirus ont affiché des hausses marquées après 2024.
Selon les chercheurs, les causes de cette hausse ne sont pas encore claires, mais elles pourraient être liées à la reprise des voyages, à l’augmentation des contacts interpersonnels et à la fin des mesures de distanciation introduites pendant la pandémie de Covid-19.
Une attention particulière a été portée au papillomavirus humain. « Il existe des centaines de types d’HPV, mais seuls certains sont considérés comme à haut risque oncologique », a expliqué Justin Clark. « HPV-16 et HPV-18 sont à l’origine de plus de 70 % des cancers du col de l’utérus dans le monde. »
L’étude a mis en évidence que les variants d’HPV à faible risque étaient les plus répandus, mais que ceux à haut risque ont également enregistré une progression significative entre la fin de 2024 et le début de 2025. HPV-16 s’est révélé constamment plus fréquent qu’HPV-18, en ligne avec ce qui ressort de précédentes études cliniques internationales.
Un autre élément important concerne le vaccin Gardasil 9 : dans les eaux usées, les chercheurs ont identifié les neuf types de HPV ciblés par la vaccination. Selon les auteurs, cela pourrait permettre à l’avenir d’utiliser la surveillance environnementale pour évaluer aussi l’efficacité des campagnes de vaccination dans la population réelle.
« Notre étude montre qu’il est possible de suivre les virus associés aux cancers grâce aux eaux usées », a conclu Maresso. « Cela ouvre de nouvelles possibilités pour mieux comprendre la relation entre ces virus et la population humaine et pour élaborer des stratégies de santé publique plus efficaces. »