La sécheresse concentre dans les sols des micro-organismes résistants aux antibiotiques et ravive les inquiétudes sur l’impact du climat sur la santé, selon une étude.
La sécheresse accroît la concentration de micro-organismes résistants aux antibiotiques dans le sol, ce qui peut avoir des conséquences importantes pour la santé publique, selon une nouvelle étude. (source en anglais)
PUBLICITÉ
PUBLICITÉ
Les chercheurs du California Institute of Technology (Caltech), aux États-Unis, voulaient répondre à une question : les modifications des milieux naturels d’où proviennent les antibiotiques pourraient-elles favoriser la résistance ?
Leur réponse : l’aridité régionale est fortement corrélée à la prévalence de la résistance aux antibiotiques dans les établissements de soins, et ce dans plus de 100 pays.
La résistance aux antimicrobiens (RAM) est une menace croissante responsable de plus de 35 000 décès chaque année rien que dans l’Union européenne.
Elle survient lorsque des bactéries, des virus, des champignons et des parasites ne répondent plus aux médicaments antimicrobiens. S’il s’agit d’un processus naturel qui se produit au fil du temps, au gré des mutations génétiques des agents pathogènes, il s’accélère aujourd’hui rapidement sous l’effet des activités humaines, principalement le mésusage et la surutilisation des antimicrobiens.
« Les épisodes de sécheresse produisent les mêmes effets que la surutilisation des antibiotiques en clinique : tous deux favorisent la sélection de bactéries résistantes », explique Dianne Newman, professeure de biologie et de géobiologie à Caltech.
Elle ajoute que la « corrélation frappante » mise en évidence par ces travaux incite à développer, dans les établissements de soins, des outils de diagnostic plus performants et plus rapides, ainsi que de nouvelles approches thérapeutiques.
Les auteurs rappellent que les antibiotiques ont d’abord été découverts, dès les années 1940, lors d’expériences réalisées sur des micro-organismes du sol, où l’on a observé que les produits naturels fabriqués par un organisme du sol pouvaient inhiber la croissance d’un autre.
Si nombre de ces produits naturels ont depuis été modifiés et développés pour devenir les médicaments prescrits aujourd’hui, le sol reste l’une des plus grandes sources de nouveaux producteurs d’antibiotiques, un environnement d’une telle richesse microbienne qu’on estime que 99 % de ses habitants microbiens ne peuvent pas encore être cultivés en laboratoire.
Selon les chercheurs, même si de nombreux antibiotiques sont issus de micro-organismes du sol, on comprend encore mal comment les changements environnementaux affectant les écosystèmes des sols peuvent favoriser l’apparition de résistances.
Xiaoyu Shan, chercheuse postdoctorale à Caltech et autrice principale de l’étude, a conçu un programme informatique pour examiner des jeux de données publics de séquences microbiennes issues d’échantillons de sol, à la recherche des gènes responsables de la production de divers antibiotiques.
En s’appuyant sur des données de surveillance clinique provenant de 116 pays et sur des jeux de données terrestres couvrant les États-Unis, la Chine et l’Europe, et englobant différents types d’occupation des sols, notamment les terres agricoles, les prairies, les forêts et les zones humides, les chercheurs ont constaté que la fréquence moyenne de la résistance aux antibiotiques à l’hôpital est fortement corrélée à l’indice d’aridité local.
Comment la sécheresse favorise-t-elle la résistance aux antibiotiques ?
L’étude montre qu’un des principaux mécanismes qui renforcent la résistance en période de sécheresse est l’effet de concentration : à mesure que le sol s’assèche, les antibiotiques naturels qu’il contient deviennent plus concentrés dans l’humidité résiduelle.
Mais la sécheresse influence aussi les antibiotiques de façon plus subtile. Des travaux ont montré que le stress physique subi par les bactéries dans des conditions sèches peut modifier l’efficacité des antibiotiques à leur égard.
Les périodes prolongées de sécheresse peuvent également modifier la vitesse de dégradation de certains antibiotiques dans le sol, en fonction de la molécule concernée ; une baisse de l’humidité peut soit ralentir, soit accélérer ce processus.
« Nous sommes en interaction permanente avec le sol, que ce soit lors d’activités de loisirs ou simplement en inhalant des poussières », souligne Shan.
« Il est important de rappeler que les bactéries peuvent s’échanger des gènes entre elles, et que les gènes de résistance aux antibiotiques se transmettent à un rythme particulièrement élevé. Avec des milliers de milliards de bactéries dans l’environnement, ce phénomène est loin d’être négligeable. »
Pourquoi ces résultats sont-ils préoccupants ?
Les projections ne sont guère optimistes en matière de résistance aux antimicrobiens et d’aridité dans le monde.
« La forte corrélation entre l’aridité et la résistance clinique aux antibiotiques est préoccupante, au vu des changements climatiques attendus », écrivent les auteurs.
Entre 2025 et 2050, 39 millions de décès devraient être directement imputables à la RAM, selon une étude publiée en 2024 dans la revue The Lancet. (source en anglais)
Dans le même temps, les projections d’aridité laissent penser que jusqu’à 5 milliards de personnes pourraient vivre dans des régions arides d’ici la fin du siècle.
Selon les chercheurs, le lien mis en évidence entre la sécheresse et la RAM souligne l’importance de l’approche « One Health », un principe qui oriente les politiques de santé en tenant compte de l’interconnexion entre la santé humaine, animale, végétale et celle de l’environnement.
« À mesure que l’instabilité climatique s’intensifie, de telles approches intégrées seront essentielles pour anticiper et infléchir la trajectoire mondiale de la résistance aux antibiotiques », concluent-ils.