L'accident s'est produit peu après 8 heures, à environ un kilomètre de la gare de Buggenhout, alors que le véhicule, exploité pour la société de transport régional De Lijn, transportait sept écoliers, un adulte accompagnateur et le chauffeur. Des responsables belges et les médias locaux ont fait état d'au moins quatre morts, dont deux adolescents, tandis que le parquet et les équipes de médecine légale ont ouvert une enquête sur les circonstances de la collision.
Le gestionnaire de l'infrastructure ferroviaire Infrabel a indiqué que les barrières du passage à niveau étaient abaissées et que les feux de signalisation étaient au rouge lorsque le minibus s'est engagé sur les voies. Le conducteur du train aurait actionné le frein d'urgence, sans pouvoir éviter la collision. Environ 100 passagers présents à bord du train ont ensuite été évacués, l'un d'eux ayant été pris en charge pour un choc. Le ministre belge de l'Intérieur, Bernard Quintin, a présenté ses condoléances aux familles des victimes et salué la rapidité d'intervention des services de secours.
Le trafic ferroviaire entre Dendermonde et Londerzeel a été suspendu le temps de l'enquête, des bus de remplacement ayant été mis en place pour les voyageurs.