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Ce que l'on sait et ne sait pas sur ce nouveau coronavirus passé de l'animal à l'homme

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Ce que l'on sait et ne sait pas sur ce nouveau coronavirus passé de l'animal à l'homme
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Ces derniers mois, nous avons vécu une pandémie hors du commun déclenchée par un mystérieux virus provenant du monde animal. Personne ne sait exactement quel est son origine. Où en sommes-nous des connaissances sur la chaîne de transmission de ce nouveau coronavirus ?

Première question : est-il à 100% d'origine naturelle ? Pour trouver des éléments de réponse, nous nous sommes rendus à l'Institut suisse de virologie et d'immunologie (IVI). Ce laboratoire situé près de Berne a été l'un des premiers organismes en Europe à recevoir un échantillon vivant du nouveau coronavirus dont le nom officiel est SARS-CoV-2. Et rapidement, ses chercheurs ont réussi à en faire un clone synthétique.

"Cela peut sembler un peu étrange, mais oui, dans ce joli coin de campagne, nous avons le clone du virus SARS-CoV-2," nous explique le professeur Christian Griot, directeur de l'institut public IVI, en accueillant devant le bâtiment.

La version clonée est potentiellement tout autant mortelle que le virus réel.

En laboratoire, les équipes sur place créent des clones parce qu'ils sont utiles pour développer des vaccins contre les nouveaux virus. Et elles ont utilisé une technique innovante pour élaborer cette copie du SARS-CoV-2 en à peine quelques semaines.

Aucune preuve solide d'une création en laboratoire

"Le fait que vous ayez réalisé un clone du virus signifie-t-il que le virus original sa pu être créé dans un laboratoire comme celui-ci ?" demande notre journaliste Jeremy Wilks au professeur Christian Griot.

"On a spéculé à ce sujet, il a été dit que ce virus proviendrait du laboratoire de Wuhan : un laboratoire qui est aussi impliqué dans la recherche sur le syndrome respiratoire aigu sévère ; mais je crois que ce ne sont que des spéculations et aujourd'hui, il n'existe aucune preuve solide que ce soit effectivement le cas," souligne-t-il.

Alors quelle est l'origine de ce virus qui cause la maladie Covid-19 selon le professeur Christian Griot ? "Le plus probable, c'est que ce virus était présent à l'origine chez des chauves-souris, puis qu'il a été présent dans un réservoir, c'est-à-dire chez un hôte intermédiaire - là, on ne sait pas de quel animal il a pu s'agir - et ensuite, il est passé chez l'homme," indique-t-il.

La chauve-souris, suspect numéro 1

La chauve-souris a déjà été à l'origine de virus transmis à l'homme : le premier SARS-CoV en 2002 et le MERS en 2012. Aujourd'hui, dans l'enquête sur la source du nouveau coronavirus, elle est considérée comme le suspect numéro 1.

Particularité de ces mammifères volants observés ici en France : un système immunitaire robuste qui leur permet de résister à des virus qui pourraient facilement tuer d'autres animaux.

"La chose qui est très étonnante, c'est ce que pour la majorité d'entre elles, elles sont asymptomatiques : elles ne vont pas développer des symptômes - je pense à la rage, au SARS-CoV-2, à Ebola, à Nipah, à Hendra et au MERS," précise Dominique Pontier, spécialiste en écoépidémiologie évolutionniste. "Les virus circulent, mais on a l'impression que cela ne fait aucun dégât chez les chauves-souris, il n'y a pas d'impact visible," fait-elle remarquer.

Les scientifiques estiment qu'un virus similaire au SARS-CoV-2 est présent chez les populations de chauves-souris depuis des décennies. Donc, l'apparition de ce coronavirus est probablement due à un contact étroit entre différentes espèces, sous une forme ou une autre.

"À un moment donné, dans les échanges qui se produisent, il peut y avoir une bonne combinaison génétique à la fois, du virus et pour l'espèce humaine et à ce moment-là la transmission a lieu," précise Dominique Pontier. "Une émergence ne se fait pas en un claquement de doigts : c'est une longue histoire et généralement, elle est provoquée par l'espèce humaine," ajoute-t-elle.

Sur la trace du pangolin... et de l'homme

Au Muséum national d'histoire naturelle à Paris, Alexandre Hassanin, spécialiste en évolution, cherche à comprendre ce processus : le rôle des humains et d'autres animaux dans l'émergence du nouveau coronavirus.

Certains gènes de ce virus le lient au pangolin, un animal utilisé en médecine chinoise et victime de trafic illégal. "La question, c'est comment ces pangolins ont pu attraper ce virus, sachant qu'il a été identifié uniquement chez des animaux captifs saisis par les douanes chinoises et pour l'instant, aucun virus n'a été identifié chez des pangolins en milieu naturel," fait remarquer Alexandre Hassanin, virologue spécialiste en évolution au Muséum.

Et c'est là que le rôle joué par les hommes est scruté à la loupe : il est possible que des pangolins acheminés clandestinement depuis un pays d'Asie du Sud-Est aient été infectés par des chauves-souris sur un marché en Chine.

Mais notre enquête se corse : un virus récemment découvert chez des pangolins partage seulement 90% du génome de celui qui est responsable de la COVID-19 chez l'homme. Une similarité à 100% nécessiterait 50 ans d'évolution.

"Ce qu'on cherche maintenant, c'est un virus qui soit très proche du virus humain chez un organisme sauvage," déclare Alexandre Hassanin. "Ce qui est bizarre, c'est que tout se converge vers l'Asie du Sud-Est ou l'extrême-Sud de la Chine et non pas Wuhan : donc clairement le rôle du trafic d'animaux vivants pour moi a l'air assez clair," assure-t-il. "Alors soit c'est directement à partir d'un animal vivant vendu sur les marchés ou en tout cas conservé en captivité, soit cela passe par un laboratoire, mais dans tous les cas, ce qui est à l'origine, c'est le trafic d'animaux vivants pour moi," dit-il.

Explosion du nombre de zoonoses

Quelle que soit la manière dont le nouveau coronavirus est passé de l'animal à l'homme, il y a de quoi s'interroger sur notre relation avec le règne animal et sur les risques que cela implique pour l'avenir.

Personne ne connaît mieux les animaux que les vétérinaires comme Michel Pépin de l'établissement universitaire VetAgro Sup près de Lyon. Il fait remarquer que les coronavirus, souvent issus des chauves-souris, sont partout dans le monde animal. "Pratiquement chaque espèce animal héberge un coronavirus : on le sait pour le chat, le chien, les porcs, les bovins, les chevaux," insiste Michel Pépin, chercheur en virologie et immunologie.

Trouver l'origine du SARS-CoV-2 est important car le nombre de virus qui passent de l'animal à l'homme et provoquent les maladies appelées zoonoses a augmenté.

Dans le cas du nouveau coronavirus, on l'explique par la chasse, le trafic et la vente d'animaux sauvages. Mais il y a d'autres facteurs à prendre en compte. "Le changement climatique a un impact, mais ce n'est pas forcément le facteur principal dans l'émergence des maladies infectieuses," fait savoir Michel Pépin. "Ce sont bien les conditions : les pratiques agricoles, l'irrigation, la déforestation, le contact avec la faune sauvage, l'écotourisme, le souhait des touristes d'aller au plus près de la nature qui font qu'à un moment donné, on entre en contact avec des virus qui jusqu'à présent, restaient confinés dans la forêt avec la faune sauvage," poursuit-il.

Toujours plus de virus mortels pour l'homme ?

Aujourd'hui, on lutte contre le SARS-CoV-2, mais dans les prochaines décennies, ces scientifiques pourraient bien devoir mener l'enquête sur ses futurs cousins : les SARS-CoV-3, -4, etc.

"Je pense qu'il existe une quantité énorme d'autre virus qui tout d'un coup, peuvent émerger, puis de nouveau passer chez l'homme," estime le professeur Christian Griot, de l'institut suisse IVI.

"Des virus mortels ?" lui demande notre journaliste.

"70% des maladies nouvelles ont fait ce saut de l'animal à l'homme et dans leur très large majorité, elles ont eu un impact considérable sur les humains : donc, oui, pour certaines d'entre elles, ce sont vraiment des virus mortels," répond-il.

Lutter contre les maladies émergentes nécessite que les scientifiques identifient davantage de virus sur davantage d'animaux pour dresser un tableau sanitaire complet et contribuer à mieux nous préparer à la prochaine pandémie.