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Traquer le Covid-19 et ses variants dans les eaux usées pour mieux anticiper les prochains pics

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Par Guillaume Petit
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Traquer le Covid-19 et ses variants dans les eaux usées pour mieux anticiper les prochains pics
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Cela fait un an que le monde entier scrute les courbes et les indicateurs du Covid-19 en espérant prévoir le coup d'après... Et si la réponse se trouvait en fait sous nos pieds, dans ces centaines milliers de mètres cube d’eaux usées qui proviennent de nos maisons et de nos entreprises, et que les stations d'épuration traitent chaque jour ? Reportage de notre reporter Guillaume Petit.

Depuis plusieurs mois en France, l'Observatoire épidémiologique des eaux usées Obépine, qui rassemble plusieurs groupes de chercheurs - et qui est financé par Sorbonne Université, le CNRS et une première subvention du MESRI - traque le génome du virus dans les eaux usées à travers toute la France.

Car oui, si le Covid-19 se transmet avant tout par les voix respiratoires, il est également possible de détecter son génome dans les selles des individus infectés et donc dans ces eaux usées, avant même que ces personnes aillent se faire tester.

Dans cette station d’épuration de la région lyonnaise, à Pierre-Bénite, à laquelle est relié un bassin de 500 000 habitants, des prélèvements sont réalisés quotidiennement et les échantillons sont ensuite envoyés à des laboratoires spécialisés deux fois par semaine, où ils seront analysés pour quantifier la quantité du génome viral du Covid-19 qui s'y trouve.

Les données brutes doivent être retravaillées pour intégrer des variables telles que la dilution de l'eau ou les mouvements de population. Ces analyses permettent ensuite de suivre l'évolution de la pandémie voire d'anticiper les indicateurs classiques comme le nombre de personnes testées positives ou encore le taux d'incidence.

Les scientifiques estiment que l'indicateur des eaux usées permet parfois de prévoir l’évolution de la pandémie avec une semaine d’avance, voire parfois plusieurs semaines. Prenons l’exemple d’une station d'épuration de Marseille. Au début de la seconde vague, la courbe qui montre la prévalence du génome du SARS-COV2 dans les eaux usées traitées par la station connait une hausse exponentielle, quand celles des personnes testées positives dans la région tests mettra bien plus de temps à mettre en évidence une forte recrudescence du virus.

A Lyon, la courbe des eaux usées baisse après le début du deuxième confinement mais remonte à plusieurs reprises, notamment autour de la période des fêtes de Noël, alors que la courbe des personnes testées positives dans la région reste plus stable.

L’indicateur des eaux usées présente ainsi l’avantage de mieux prendre en compte les asymptomatiques. Il serait donc beaucoup plus représentatif. Autre atout : les chercheurs sont en train de mettre en place les outils pour détecter les variants du Covid-19 dans les eaux usées, et ainsi mieux anticiper leur propagation de ces variants plus contagieux en fonction des zones géographiques.

"Dans les eaux d’Île-de-France, début janvier on ne détectait pas les variants dits britanniques, mais depuis quelques jours ou semaine, la proportion des variants qui portent des signatures que nous commençons à connaitre augmente au fil du temps. Aujourd'hui, une des signatures, qui est une petite délétion qu'on appelle 69/70, est une marque qu'on retrouve dans 25 à 35% des souches qu’on analyse dans les eaux usées", analyseVincent Maréchal, Professeur de virologie et co-fondateur du réseau Obépine.

D’autres pays européens comme les Pays-Bas, l’Italie, l’Espagne, l'Allemagne, le Luxembourg ou encore la Suisse ont lancé des réseaux de surveillance similaires dans certaines villes. Et l'idée de se réunir autour d'un consortium européen fait son chemin. Car l'analyse des eaux usées apparaît comme une possibilité de plus en plus sérieuse de coordonner la lutte contre la pandémie au niveau national et même inter-gouvernemental.

L'analyse de la présence du génome viral dans les eaux usées aurait même pu permettre d'anticiper l’arrivée de la pandémie début 2020. A Barcelone, Milan ou Turin, il a été découvert a posteriori que le génome du SARS-COV2 était présent dans les eaux usées plusieurs semaines avant que les tout premiers cas ne soit détectés dans ces pays.