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Variants : accélérer la détection pour mieux les stopper

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Variants : accélérer la détection pour mieux les stopper
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C'est une étape cruciale pour garantir l'efficacité des vaccins contre la Covid-19 : l'identification des variants du coronavirus à l'origine de la maladie.

Le Royaume-Uni a été aux avant-postes avec la détection dans le pays, d'un premier variant qui aujourd'hui, se propage dans le monde. Mais si la découverte de nouvelles souches inquiète, en réalité, elle aide à contenir leur transmission comme nous le précise Leila Luheshi, directrice de Oxford Nanopore Technologies, laboratoire britannique.

"On peut commencer à dire : telle ou telle chose est prévisible"

"Au départ, il était très difficile de prédire quelles mutations allaient se produire," reconnaît-elle. "Mais maintenant que de nombreuses séquences du virus ont été étudiées, on commence à observer des caractéristiques récurrentes : de nombreuses mutations se produisent sur le gène Spike qui est très important pour la manière dont le virus s'introduit dans nos cellules," constate-t-elle. "Donc, on peut commencer à dire : telle ou telle chose est prévisible ; on observera de plus en plus de mutations sur ce gène au fil du temps," assure-t-elle.

Nous lui demandons si ces connaissances aident les chercheurs à avoir une longueur d'avance sur les futurs variants.

"Il est important d'étudier les mutations sur certains gènes, mais la méthode actuelle de séquençage de l'ensemble du virus continuera à être essentielle," souligne Leila Luheshi, "parce qu'avec le temps, il se peut que l'on utilise des vaccins contre différentes parties du virus. Donc il serait malvenu de notre part de ne pas être attentifs aux autres parties de la séquence," fait-elle remarquer.

Des outils plus pratiques et moins coûteux

Son laboratoire d'Oxford spécialisé dans le séquençage génomique, la cartographie de l'ADN, a développé un outil pour simplifier le processus.

Habituellement, une machine qui analyse l'ADN fait la taille d'un gros réfrigérateur et coûte des centaines de milliers d'euros. Mais dans ce laboratoire, les chercheurs ont concentré cette technologie dans des appareils beaucoup plus petits comme l'un que nous découvrons qui tient dans la main, coûte environ mille euros et se branche sur un ordinateur.

Un défi encore plus grand pour les pays pauvres

Aujourd'hui, une infime proportion de cas de Covid dans le monde fait l'objet d'un séquençage, ce qui fait craindre que de nouveaux variants ne passent inaperçus ou soient détectés trop tard.

"Le Danemark, les Pays-Bas et le Royaume-Uni sont pionniers dans le séquençage d'un grand nombre de prélèvements positifs," précise Gordon Sanghera, directeur général d'Oxford Nanopore Technologies.

"Or ces dernières semaines, on a constaté l'émergence de ces nouvelles souches et il sera vital de s'assurer que si l'on identifie une souche qui échappe au vaccin, on puisse la contenir très rapidement et stopper la propagation de ce variant pernicieux," assure-t-il.

Ces appareils de dimension réduite peuvent être utiles aux régions du monde qui n'ont pas d'équipements de séquençage. Les pays pauvres qui tardent à voir arriver les vaccins sont ceux où pourraient émerger les prochains grands risques liés à la pandémie.